台南地檢署偵辦光電弊案，10月23日聲押陳啟昱、台鹽前總經理蘇坤煌、郭姓前副總經理、及鴻暉國際公司蘇姓負責人、晁暘開發公司戴姓負責人等5人，台南地院24日裁定駁回，南檢不服提起抗告，台灣高等法院台南分院撤銷原裁定，發回地院更裁。11月1日重新召開羈押庭，結果陳啟昱未到庭，遭到地院、地檢同步開拘票抓人，一旦拘提不到，陳啟昱將遭到通緝。

另外，面對外界質疑是否縱放，台南地方法院指出，起初檢方舉證不足以認定陳啟昱涉嫌重大，因此裁定釋放，然經檢方抗告、高院10月28日發回後，本院即迅速分案，訂於10月31日重新召開羈押庭問訊，全程並無任何延宕、不周之處，10月31日當天之所以未開庭，是考量強颱康芮來襲，加上案卷質量、被告人數等情況，若強令檢察官、被告、律師及本院行政人員到院開庭，實有危及眾人生命、身體安全之疑慮，因而僅將庭期順延至隔天，屬多方思考、斟酌後之謹慎考量，無刻意拖延之情事。

針對陳啟昱突然行蹤不明，陳琬惠今天（3日）表示，「突然大家都關注起台鹽綠能陳啟昱案，去年3月我就開始追並質詢王美花，她說要送檢調，但今年南檢10月才動起來，光電水真的很深啦！怎麼可能只有台鹽綠能？」