臺鐵局車輛檢修機廠包括臺北、高雄及花蓮等三大機廠，主要進行三、四級檢修作業。各機廠在擬定年度檢修車輛目標及計畫時，均會依據前一年度各機務段所提報需進廠做三、四級檢修作業之車型、數量及時程進行規劃。近二年，因EMU500、700、800、太魯閣號、普悠瑪號均陸續屆期需安排進廠進行三、四級檢修作業，檢修車輛數較以前年度增加，台北機廠持續檢討提升年度檢修車輛目標，今(110)年度上半年檢修進度雖略有落後情形，惟目前已檢討趕上，符合預定進度目標，另花蓮機廠之維修進度亦符合目標，尚無落後情形。
有關高雄機廠檢修車輛進度落後，主要原因係機廠配合高雄鐵路地下化工程，預定今年完成遷廠作業，受遷廠斷軌之影響，傳統客車及貨車之三級檢修作業採取委外辦理之配套措施，但因傳統客車委外三檢檢修案履次流標及貨車三檢外包立約商進度落後，經臺鐵局與機廠多次現勘及會商檢討，提出包括：傳統客車採自辦結合委外發包方式加速執行、協調新廠加速於8月底前啟用A2-2場之2股道以增加維修車位、請立約商配合增加修車人力並由機廠加強協助立約商技術指導、治具製作及材料供應等精進改善措施，預估貨車三檢部分今年8月底可逐步趕上預定進度，傳統客車年底前完成370輛，符合運用需要。
為使檢修技術能夠提升及有效傳承，臺鐵局自108年起即推動一至四級檢修作業標準化之工作，集合各廠段檢修作業主管及技術領班，擬定各車型一至四級檢修作業SOP及手冊，預計今年底可順利完成，將可有效提升檢修作業效率與品質，也可讓檢修作業技術得以順利傳承下來，後續規劃進一步針對各項標準作業流程，研析訂定所需人力及工作時數，以作為廠段人力規劃、安排與作業管控之依據。此外，為強化檢修人員之檢修能力，目前臺鐵局車輛維修單位已依據車輛維修需求，訂定定期教育訓練計畫並確實執行，另外各廠、段也已不定期辦理標竿學習，與軌道同業和技術廠商交流，提升檢修同仁之維修技能。除推動檢修作業標準化外，臺鐵局目前也積極推動建置車輛維修作業管理系統(MMIS)，以藉由資訊化作業強化檢修作業之技術、品質、效率、物料等整合管理，並可達到預防性維養之目標，預計今年底完成初步系統建置，明年開始試用測試。
鑑於臺鐵車輛維修所需零組件多為外洋料，不僅交貨期長且單價高，短則3個月、長則1年半至2年，以及容易受疫情等外部因素影響交期，臺鐵局為因應可能的缺料、停料問題，從108年起已積極整合機務及材料部門進行檢討研商，尋求因應改善方案，自去(109)年度起，為能更務實精確掌握材料供需，已要求檢修及供購料計畫由原先1年一期改為3年一期計畫，以期有效根本解決檢修材料需求與供購料庫存缺口的課題。目前缺料問題已逐步獲得改善，其中關鍵性零組件已無缺料情形。如確遇缺料無庫存且經評估有必要立即處理之情況，才會使用其他停用車之正常零件或已經適切檢修之整修備品替代，以確保安全沒有問題。
此外，為有效解決外洋料交貨期長且單價高問題，臺鐵局自108年底已成立維修備品國產化推動小組，並以2030年維修備品國產化比例達50%以上為目標，目前正結合國內產學研單位(包括中科院、工研院、高科大、北科大等)加速進行合作研發，期透過推動維修備品國產化，除可穩定臺鐵車輛維修料源供應，並可厚植國內產業技術能量，進一步達到國車國造的目標，並接軌及參與國際軌道產業生態鏈，擴展技術商機。
為能持續提升廠段車輛檢修作業品質與效率，臺鐵局已擬定短中長期改善方針，後續將積極推動辦理：
一、短期方針
(一)針對重點車種及既有維修資源重新擬訂合理之段、廠維修計畫。
(二)廠、段合作互補不足，供料人員互相支援。
(三)訂定KPI，並推動新的激勵與責任制度。
(四)擬訂3年1期之供料計畫
二、中期方針
(一)部分因車型老舊導致購料不易的案件，將會同國內廠商設法換用現用規格包件，並可供應新型車輛，以擴大規模吸引廠商投入開發研製。
(二)自辦結合外包，彌補臺鐵本身資源不足。
(三)充分給予外包廠商技術支援，縮短外包商學習期，提早進入維修成熟期。
三、長期方針
(一)加速推動各維修廠域擴充及改善計畫。
(二)推動零組件國產化，結合技研中心確保品質。
(三)新車型加長保固期及增訂後續維修條款。
(四)滾動檢討研訂各級廠修與檢車作業標準及人力工時分析。
(五)配合新車交車加速汰換並報廢舊車。
(六)將目前行車保安無(有)責任事故制度轉化為品保制。
